现时港铁的售票网站不能一次过购买香港段和内地段的车票，后者需在12306网站购买，在西九龙站的中铁柜位购票或取票，缴付10至30元手续费。“一国两制”之下，中铁总公司跨境来香港办公，收取手续费短期内似乎无可避免。

　　港人在内地办票过程亦要注意，在深圳北和广州南站，仍有取票机未有加入“香港西九龙”站的选项，不少售票机未能读取港澳居民回乡证。

　　大公报香港记者预先从港铁网站购买深圳北返回香港西九龙站的车票，但未能在深圳北站办理改票或退票手续。深圳北站的员工告知，由於经港铁系统发出，并不能在北站的中铁系统办理退票及改票。

　　另一方面，12306网站必须以内地电话号码实名登记，对於没有内地电话号码的港人亦构造阻碍。运输及房屋局局长陈帆早前表示，正向内地方面商讨修改票务程式，准许加入回乡证和电邮地址作实名登记，预计需时最快六个月。

　　运房局表示，香港乘客欲购买内地段车票，除了通过12306网站，也可在内地车站售票窗口或兼容回乡证的售票机，凭回乡证购买。

　　内地高铁营运商亦表示，将逐步扩大港澳居民自助售取票服务的覆盖车站範围。

　　至於持有中华人民共和国第二代居民身份证的内地居民，可在内地车站售票窗口或售票机购买内地段车票，在西九龙站八部“12306自助取票机”取票。