16日是中三至中五跨境学生复课第二日，北区中学校长会主席方奕亮在一个电台节目中指，在他的学校，16日接载同学的校巴较往常迟了10分钟到校，比15日迟一个小时有改善，学校约9成跨境生都有上学，部分因为证件及核酸检测仍未办妥，未能上学，亦有部分住得离福田口岸太远，无法回校。方奕亮又指，由于未知小六跨境生何时能够豁免检疫，仍未想到如何处理小六升中叩门。

深港跨境学童家长会主席黄菁荭指，16日早深圳口岸方面增加防护检查通道，由一条增加到三、四条，加快学生过关速度。她说，15日很多学生都没预先填好文件，16日情况已经顺畅很多。