2019年12月30日零时起，莞惠城际将实行新的列车运行图。实行新运行图后，莞惠城际工作日期间每日开行34趟动车，较调图前增加3趟，周末期间每日开行41趟动车，较调图前增加6趟。

此外，实行新运行图后，莞惠城际工作日期间末班车开车时间有调整，周一至周五从东莞西（东莞）往小金口（惠州）方向，首班车时间仍为6：10从东莞西开出，末班车时间调整为21：30从东莞西开出；从小金口往东莞西方向，首班车时间仍为6：00从小金口开出，末班车调整为21：20从小金口开出。

周末期间，东莞西往小金口方向的首班车时间仍为6：20从东莞西开出，末班车时间调整为21：40从东莞西开出；小金口往东莞西方向首班车时间调整为6：20从小金口开出，末班车时间调整为19：45从小金口开出。

另外，实行新运行图后，多趟列车停车和开车时间均有调整，乘客出行前请留意铁路12306官方网站时间，提前做好出行安排。